第二阶段：1979—2009年，劳动力市场受到政策影响和经济危机冲击，劳动者不合理收入差距持续扩大。显然，经济体制改革有利于摆脱平均主义桎梏，提高了生产率，促进了社会经济发展，从这一视角来看，出现收入差异是劳动力市场突破绝对平均、趋于动态平衡的表现。
但是，造成收入差距的原因除了劳动力市场竞争形成的生产率差异之外，还有诸多不利于劳动力市场稳定性和均衡性的因素。首先，双轨制改革导致原材料市场、产品市场、金融市场等其他市场形成价差，这为寻租者找到了机会，原材料、产品价格差异以及利率差等最终映射在劳动力市场上，即表现为收入差距。这既是劳动力市场非平衡的表征，也是改革带来的阵痛。其次，资本密集型部门优先发展、户籍隔离以及其他一系列城市偏向型制度安排导致城市化水平的相对下降、城乡收入差距扩大[40]，中国的城乡收入比由1985年的2.1上升至2009年的3.33，上升幅度超过50%。再次，经济波动对收入差距的影响显著。中国经历了1998年和2008年两次大的金融危机，危机导致的信贷配给效应使得偏向国企的信贷配给遏制了非国企职工的收入增长。2008年的金融危机通过投机行为提高了金融业收入水平，与此同时，借助各种金融资产及其衍生品获取高额利润者往往是剩余价值的主导者，他们利用资金优势获得了比普通劳动者更高的收入。[41]与2007年相比，2008年、2009年金融业与制造业城镇就业人员名义工资之比分别上升了6.1%和8.2%，可以证实，从收入差距方面表现出来的劳动力市场的不均衡性往往出现在金融危机之时。事实上，收入差距和金融危机的影响机制是双向的，正如刘鹤（2012）[42]所言，收入分配差距是经济危机爆发的前兆。这意味着，由于垄断、制度性原因等非合理因素造成的收入分配差距过大不仅是劳动力市场不平衡性的体现，也是整个经济体系不平衡性的特征。