在接下来的几个月中，阿诺德一直都感到非常焦虑。他只能继续承受煎熬，除非军事法庭宣布他无罪，他的这种状态是由他的性格决定的。并且也是因为这件事，他不能参加很多的军事活动，这样的情况让他感到非常气愤。现在，他只想尽快将这种生活结束。不管会有怎样的结果，只要军事法庭尽快开庭审判，他都愿意承受。耽搁很久的法庭在几个月后终于开庭了，经过反复的讨论，军事法庭裁定在提出的八项指控中只有四项成立。在这四项中，他们又宣布其中只有两项有罪，其中一项就是阿诺德在瓦利堡军营私自向一只属于不满分子的船进行书面授权，让船只离开了费城港，并且能够自由驶入美国的任意港口而不受阻拦；另外一项就是他利用自己的公职权，在一次特殊紧急转移中挪用了公家马车去运送私人财物以及那些愿意留下同敌人待在一起的人。他的这些行为被认为是损害了国家的利益，并且还对祖国的独立不忠。
阿诺德分别对这两项指控作出了辩解。针对第一项指控，他解释说当时自己并不在费城，并且提出申请的人和他的船看起来并没有什么异常的状况。至于他没有经过授权就决定行动的那件事，他说将军级别官衔的军官在必要的时候可以作出适当的变通，并不需要事事都向总司令请示，更何况他做出这样的举措也只是出于对士兵生命安全的考虑。针对第二项指控，他很干脆地承认了自己曾经征用马车的事实，但为了试图减轻罪责，他声称自己曾付了钱给那些马夫，所以应该算是雇佣。经过最后的判决，阿诺德将他欺诈行为的罪行洗清了。考虑到他的军衔，第二项指控被认为是因为他自己的谨慎而导致了错误，所以他应该接受指责。法庭最后判定他要承受总司令的斥责，这项判决在1780年2月12日这天得到了大陆会议的正式确认。