在南北各地反满大潮流中，明朝应该有恢复的机会了。可是肇庆小朝廷，官员分楚、吴两党，互相攻击。楚党首领号五虎，袁彭年为虎头，丁时魁为虎尾，蒙至发为虎脚，金堡为虎牙，刘湘客为虎皮，朝政被五虎把持，与吴党朱天麟、张孝起、吴贞毓、堵胤锡等争权位，军国大事，并不在这些人意中。清廷自觉情势危急，在政治上宣布允许满汉官民联姻令（顺治五年八月。并未实行），企图和缓汉族的仇恨；在军事上发动全部武力，命都统谭泰及何洛会自江宁赴九江，会合耿仲明、尚可喜兵攻江西、广东，郑亲王济尔哈朗、顺承郡王勒克德浑会合孔有德兵攻湖南、广西，端重郡王博洛、敬谨郡王尼堪率兵攻大同姜瓖，固山贝子屯齐、固山章京韩岱攻兰州米剌印，吴三桂、李国翰攻陕西、四川，洪承畴坐镇江宁，防御沿海一带。这样严整的阵容，对付内讧剧烈的肇庆小朝廷，不待战争，胜败早已决定了。
谭泰、何洛会引水陆兵二十万攻破南昌，杀金声桓。李成栋驰援又败死，江西失陷。济尔哈朗、孔有德破湘潭，杀何腾姣。顺治七年十一月，尚可喜破广州，孔有德破桂林。瞿式耜知道国事不可挽救，与大将张同敞安坐待死。清兵擒二人见孔有德，有德劝降，式耜道：“我中国男子，岂有失身？”有德道：“我是先圣（孔子）后裔，也还从顺，先生何得固执？”同敞厉声骂道：“你不过毛文龙家奴才，不要丢先圣的脸！”有德怒，式耜道：“这是张同敞先生，特来和我同死，不可凌辱。”有德请薙发，不许，又请当和尚，式耜道：“当和尚就是薙发，我发决不薙。”囚禁四十余日，式耜同敞直立（不跪）受斩刑死。