广东省政府是第一个依据《省政府组织法》成立的省政府，其机构初设有民政、财政、教育、建设、商务、农工、军事等厅，由古应芬、廖仲恺、许崇清、孙科、宋子文、陈公博、许崇智等分任厅长。各厅长中，除许崇清与陈公博外，余均为国民政府委员。
省以下地方行政机构分设两级，一是区行政公署，一是县政府。国民政府鉴于一省幅员辽阔，交通不便，乃于省以下县之上，划分行政区，设立行政公署以治理之。1925年11月，国民政府将广东94县（州）划分为6个行政区，由国民政府派出行政委员，设立行政公署，规定其职责为：督率所属各县县长处理地方行政事宜；对于所属各县县长，得先行任免，再行报告于省政府。接着，国民政府先后任命周恩来、宋子文、甘乃光、古应芬、张难先分别为东江、广州、南路、西江和琼崖各区行政委员。
关于县政府，决定各县除县长外，加派党代表一人、财政厅代表一人，三人合组县行政委员会，对全县负统治之责。省政府相继撤换了一批旧县长和委派了一批新县长。1926年6月，广东省政府公布县政府组织法，明定县政府承省政府指导监督，处理一县地方行政事务。县政府设立县务会议，以县长为主席，辖民政、财政、土地、教育、公路五局，以县长兼民政局长。