对牛顿而言，从事研究的工作，在大学或是在家里都一样。回到自己的房间，他立刻打开包袱，取出有关天体光学研究的所有工具，锤子、烧瓶、磁铁、磁针、心轴、雕刻刀、棱镜、凸透镜、凹透镜、平面镜、球面镜、方解石、望远镜、显微镜等。接着，又拿出一摞书，有哥白尼的《天体运行论》、开普勒的《光学》、笛卡尔的《几何学》等，满满地堆在桌子上。这些是牛顿花费了几乎所有的薪水购买的物品。
牛顿后来是：“1665年和1666年两年鼠疫期间，我正处于发明创造的鼎盛时期，比以后任何时候更潜心于数学和哲学。”牛顿一生的三大贡献——微积分、万有引力、光学，都是在这一时期孕育出来的，可以说他是科学史上罕见的天才。
牛顿开始进行“光的分解”的实验了。他先把房间的光都遮掩起来使房间变暗，并在窗板上开了一个小孔，让适度的阳光进入房内，然后把棱镜置于光的入口处，使光由此折射到对面的墙上。通过实验，牛顿首先发现了墙上呈现一条非常美丽的彩色光带，这条彩色光带有秩序地排列成红、橙、黄、绿、青、靛、紫七种颜色，不管怎样变换三棱镜或转动三棱镜，这种次序都不发生变化。牛顿接着又做了许多实验。