因此，FBI对约翰·卡尔进行了审讯。不过，还没等FBI对他严加审讯，他就向FBI供认了自己的罪行，他声称琼贝妮特的死完全是一个意外，他并不是有意伤害她的，他非常爱她。约翰·卡尔面对媒体的采访时，他声称对琼贝妮特的死感到非常抱歉，但他并不愿提及具体的细节，因为对他来说一切都是那么痛苦。
当约翰·卡尔被FBI定为杀害琼贝妮特的嫌疑人时，拉姆齐夫妇的律师也向FBI透露了卡尔的相关信息：他曾经住在拉姆齐家附近，而且还在其他社区担任教师。可是，当FBI对约翰·卡尔进行深入调查时，琼贝妮特的母亲帕齐因为患有卵巢癌而只剩下一个月的寿命。直到她去世，也没有摘掉杀害女儿的嫌疑人“帽子”。
当所有人都认为约翰·卡尔就是杀害“美国小小姐”琼贝妮特的凶手时，案件在审理的过程中却一波三折。在2006年10月5日，加利福尼亚的法庭因为案情疑点重重并且证据不足而当庭释放了约翰·卡尔，这让人们感到非常意外。
后来，FBI通过对约翰·卡尔的DNA检测发现，他的DNA与犯罪现场所遗留的血迹中的DNA不相符，从而排除他是凶手的可能。可检控方却不那么认为，因为他们在抓捕卡尔时发现，他的私人电脑中有很多儿童色情图片。因此，他们以涉嫌传播儿童色情图片的罪名再次起诉约翰·卡尔。